É só clicar no item, conforme a imagem abaixo que o marcador vai decidir se ele vai aparecer na lista presente na barra lateral ou se essa exibição será apenas quando há novas mensagens.
Esse sistema é legal, pois diminui a quantidade de marcadores na página inicial do Gmail.
Se você configurar para que não aparece mais aqueles emails do twitter, avisando que você obteve mais um seguidor, é só criar um filtro que esses emails vão ser ignorados.
(Clique na imagem para melhor visualização)